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1999年01号~1999年12号身海魚 -SHINKAIGYO-田中加奈子医学博士凶ろう笵は、凶暴化するウイルスから人類を救うK-1号を造った。K-1号は、妹・寿を庇って負傷した諏訪大吉と合体し、新生・K-1号となる。
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1999年02/03号~2003年22/23号ヒカルの碁漫画:小畑健、原作:ほったゆみ、監修:梅沢由香里ある日小6のヒカルは蔵で古い碁盤を見つける。その瞬間、碁盤に宿っていた平安の天才棋士・藤原佐為の霊がヒカルの意識の中に入り込んだ。
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1999年12号~1999年29号邪馬台幻想記矢吹健太朗邪馬台国女王壱与、そして方術士紫苑、一つの遥かなる幻想に二人の戦いが始まる!!
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1999年13号~1999年03号-蹴球伝-フィールドの狼 FW陣!高橋陽一瀬島の天才サッカー兄弟と呼ばれる兄の刃向陣と弟の亮太。しかし、事故で両親と弟を亡くすことに!弟の夢だった全国大会を目指して、瀬島の狼、ここに始動!!
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1999年14号~1999年31号大好王 -ダイスキング-道元宗紀
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1999年18号~1999年04号武士沢レシーブうすた京介牛乳学園ヒーロー部・国本ちはるの前に現れた、謎のヒーロー・武士沢光沢!廃部寸前のヒーロー部に武士沢を勧誘するちはるは!?
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1999年19号~1999年32号マッハヘッド瑳川恵一
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1999年31号~1999年51号サバイビーつの丸親や兄弟の顔も知らないミツバチ・バズー。ある日、スズメバチの集団に追われている同じミツバチから、『オーダイ』ってものを預けられて…!!
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1999年32号~2008年14号テニスの王子様許斐剛アメリカJr.大会4連続優勝の経歴を持ち、天才少年と呼ばれるリョーマだったが、青学テニス部には、1年生は夏まで大会に出られない規則があり…!?
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1999年33号~1999年45号CHILDRAGONあずまけいしん己を伝説のヒーローの生まれ変わり『龍の子』と信じる小学生・稚龍璽が転校してきた!!
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1999年34号~2000年11号ZOMBIEPOWDER.久保帯人死者を蘇らせ、生者を不死にする悪魔の秘薬を求め、「死者の指輪」を探しつづけるパウダーハンター・芥火ガンマ。
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1999年43号~2014年50号NARUTO -ナルト-岸本斉史忍術学校の問題児、ナルトは今日もイタズラ三昧!! そんなナルトのでっかい夢は歴代の勇者、火影の名を受けついで、先代を越える忍者になることだ。
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1999年44号~2000年12号Romancers浅美裕子ロマンサー…それは言葉を操る能力を持つ者。ロマンサー・宝良が警察の手に負えない事件を請け負う!!
週刊少年ジャンプ - 1999年
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